近日，由中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所紀(jì)曉峰等研究發(fā)明的“一種電壓-門控鈉離子通道的結(jié)構(gòu)預(yù)測方法”獲國家發(fā)明專利授權(quán)，專利號2017105453919。
本發(fā)明公開了一種適用于電壓?門控鈉離子通道的結(jié)構(gòu)預(yù)測的方法，具體涉及一種基于模板構(gòu)建真核電壓?門控鈉離子通道Nav1.5孔道結(jié)構(gòu)域開放態(tài)的結(jié)構(gòu)模建方法。首先通過rosetta的膜蛋白同源模建方法，以獲得晶體三極結(jié)構(gòu)的細(xì)菌鈉離子通道模板，初步構(gòu)建組成Nav1.5孔道結(jié)構(gòu)域的四個亞基結(jié)構(gòu)；然后根據(jù)各個構(gòu)建模型的打分情況進(jìn)行排序，挑選得分最高的結(jié)構(gòu)作為各個結(jié)構(gòu)域的初始結(jié)構(gòu)；然后將構(gòu)建完成的四個亞基結(jié)構(gòu)分別比對到4CBC的四個亞基上，并對組裝完成的整體結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化；以已有局部麻醉劑類藥物的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和試驗(yàn)數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，與優(yōu)化完的結(jié)構(gòu)進(jìn)行分子對接，根據(jù)已有實(shí)驗(yàn)結(jié)果設(shè)定篩選和評價策略，確定構(gòu)建模型的可靠性。
