財務處的主要職能：

認真執行財經法規和財政制度，制定本所的財會管理辦法和內部控制制度；負責全所財務管理和會計核算、預算編制與管理、資金撥付與管理、財務決算、財務監督與審計整改等工作；依法組織收入和全成本核算，負責定期編制各類財會報告，如實反映我所財務狀況；對本所各類經濟活動進行預測、控制和監督，為領導決策提供有效的服務和參考；負責科技項目經費使用情況分析、項目立項經費審核；負責國有資產財務核算、政府采購的預算及統計工作；承擔本所資源組合配置相關的統籌協調工作；接受上級部門及內部審計部門的審計監督，對所屬企業的財務進行指導和監督；承擔所領導交辦的工作，接受上級主管部門的業務領導。。

財務處現有12人（其中正式編制7人），其中高級會計師1人，會計師9人。