基因芯片是提升育種效率、培育抗病、抗逆及優質等新品種的重要分子工具。近年來，針對對蝦基因組育種缺乏低成本、高通量的基因芯片現狀，中國水產科學研究院黃海水產研究所孔杰研究員團隊研制出40K SNP基因芯片“黃海芯1號”。依據多代系譜，采用一步法基因組選擇技術，“黃海芯1號”已經應用于對蝦的商業化育種中，在提高致急性肝胰腺壞死病副溶血弧菌（VpAHPND）、白斑綜合征病毒（WSSV）抗性和生長速度等方面取得顯著進展。
研究團隊對世界上重要對蝦養殖群體和品系進行了全基因組重測序，獲得6百萬個有效SNP標記，經過整合WSSV抗性、氨氮耐受性、飼料轉化效率等相關SNP位點，選留45815個標記并構建了液相芯片。利用該芯片的基因型檢測結果，對VpAHPND和WSSV侵染的抗性開展一步法基因組選擇，準確性比傳統的BLUP方法高29%-91%。該團隊已經與石家莊博瑞迪生物技術有限公司簽約，聯合開展育種技術服務與SNP基因型檢測服務。目前，“黃海芯1號”已推廣應用于4個凡納濱對蝦的遺傳育種項目，分型個體數量超過2000尾。
對蝦40K SNP育種芯片“黃海芯1號”的研發，為凡納濱對蝦基因組親緣關系鑒定、遺傳結構與遺傳多樣性分析、多性狀基因組選擇等提供了重要工具，對進一步推動對蝦種業的快速發展起到至關重要的作用。
圖1 “黃海芯1號”對蝦基因芯片的SNP位點分布圖
圖2 世界上主要對蝦品系的“黃海芯1號”聚類圖
圖3 世界上主要對蝦品系的“黃海芯1號”親緣關系熱圖
